El museo está ubicado en la Sinagoga del Tránsito o Sinagoga de Samuel ha - Leví, considerada la más bella sinagoga medieval conservada en el mundo. La exposición permanente tiene como objetivo dar a conocer la historia de los judíos en España, su llegada a la Península Ibérica en época romana, su edad de oro cultural durante la Edad Media, su expulsión por los Reyes Católicos en 1492, el fenómeno de la conversión y su persecución por la Inquisición. El guión expositivo llega hasta la actualidad, poniendo el foco en el exilio y desarrollo de las comunidades sefardíes por todo el mundo.